Powershellやコマンドプロンプトでファイル/フォルダのフルコントロール権を付けてみたけれど、フルコントロールじゃなくて「特殊なアクセス許可」になってしまうのは継承情報が不足しているからです。
Powershellで System.Security.AccessControl.FileSystemRights]::FullControl 、icaclsで F オプションを指定しても、継承フラグ指定が不足しているとアクセス権が「特殊なアクセス許可」になってしまいます。
継承フラグにObjectInherit、ContainerInheritの両方が付いていないと、フルコントロールを指定してもGUI上でフルコントロールの表示になりません。
つまり、Powershellなら [System.Security.AccessControl.InheritanceFlags] の ObjectInherit と ContainerInherit を-borでビット和したものを、
icaclsなら (OI)(CI)F オプションを指定する必要があると言うことです。