記憶域プールに追加した物理ディスクは、記憶域プールから削除しない限りDiskpartや[コンピューターの管理]→[ディスクの管理]からは見えません(technetに「記憶域プールに割り当てられている、ローカル接続された基本ディスクは、Diskpart.exe には表示されません。 」という記載があります)。
Diskpartから見えないと言うことは、Windowsのインストール先に指定することができません。Windowsインストーラーのパーティション作成ツールがDiskpartなので、インストール時に物理ディスクが見えないからです。
記憶域プールに追加した物理ディスクをDiskpartから見えるようにするためには、物理ディスクから記憶域プールの情報を削除する必要があります。
具体的には、適当なWin8やWin2012マシンに物理ディスクを接続して、その物理ディスクが所属している記憶域プールを削除すれば、Diskpartから見えるようになります(Win2012R2で確認しました)。
他の方法としては、たぶんHDDのローレベルフォーマットをやれば見えるようになる…と思いますが、こっちは実際にやってみていないので、もしやる場合は自己責任で…