スケジュールタスクなどで定期的に再起動を行うためには、Shotdown.exeではなくTsshutdn.exeを使いなさいとのこと。
- Windows 2000 Terminal Serverをシャットダウンする際のアドバイス
http://www-06.ibm.com/jp/domino04/pc/support/Sylphd07.nsf/jtechinfo/SYJ0-009B0BF - Windows 2003 ServerでShotdown.exeを使うと問題あるよ、という報告
http://support.microsoft.com/kb/913659/ja
shutdown.exeは強制シャットダウン動作のようで、アプリケーションの終了処理を待たないんだそうだ。
そのせいで、アプリケーションが正常終了しないことによる問題が発生する可能性があるとのこと。