git https://github.com/~でプライベートリポジトリをcloneしようとして「remote: Repository not found.」が表示されるのに、URLは間違っていない場合は、認証に問題があります。
その場合、Windows Credential Managerがキャッシュしている資格情報をいったんクリアすれば直ります。
手順
- [コントロール パネル] → [すべてのコントロール パネル項目] → [資格情報マネージャー]
- [Windows資格情報]タブにリストアップされる github.com の資格情報を削除
- git cloneしてみると Windows Credential Manager(ブラウザ)が起動するのでそこで資格情報を入力すればOK